內雙溪森林自然中心92％以上區域為生長良好的天然闊葉林，以亞熱帶闊葉林生態系佔了最大面積，根據2008年完成的調查，內雙溪森林自然中心總計調查到113科316種的植物（內雙溪森林自然中心植物名錄），包括台灣原生的江某、台灣紫珠、紅楠、樹杞、楓香、台灣欒樹、羅氏鹽膚木、茄冬、相思樹、山櫻花、水黃皮、赤楊、苦楝、大頭茶與筆羅子等樹種，其中白匏子、台灣欒樹、大頭茶是溪山苗圃到樹木標本園步道沿線上的迎賓隊伍，是經常前往內雙溪森林自然中心踏青的民眾最熟悉的「內雙溪印象」。
然而，植物要在這裡生長卻不簡單！冬季時東北季風的強勁吹拂，迎風面與山頂附近的植物只能放低身段減少風阻，明顯長得比較矮，就是所謂的「風壓現象」，尤其是迎風生長的樹經常不敵強風而傾斜一邊，如同受到風的修剪一般，被稱為「風剪樹」。強風之外，又為了克服強烈的陽光、貧瘠的土壤，樹木需要更堅韌的枝幹、更厚硬的葉片，才能保濕又不怕受傷害。
除了天然的森林，內雙溪森林自然中心內因為設有樹木標本園及藥用植物園，更可以再這兒看到柿子、蓮霧、枇杷、桃子、柚子等果樹，還有各種不同的藥用植物跟香草植物喔！
