食蟲目
鼴鼠科
- 台灣鼴鼠 Mogera insularis
尖鼠科
- 台灣灰鼩鼱 Crocidura attenuata tanakae
蹄鼻蝠科
- 台灣小蹄鼻蝠 Rhinolophus monoceros (特有種)
葉鼻蝠科
- 台灣葉鼻蝠 Hipposideros terasensis (特有種)
蝙蝠科
- 東亞家蝠 Pipistrellus abramus
囓齒目
松鼠科
- 赤腹松鼠 Callosciurus erythraeus
肉食目
靈貓科
- 麝香貓 Viverricula indica pallida
鳥類
鸛形目
鷺科
- 夜鷺 Nycticorax nycticorax
- 小白鷺 Egretta garzetta
- 黑冠麻鷺 Gorsachius melanolophus
- 黃頭鷺 Bubulcus ibis
鷲鷹科
- 大冠鷲 Spilornis cheela (保育類)
- 台灣松雀鷹 Accipiter virgatus (保育類)
- 鳳頭蒼鷹 Accipiter trivirgatus (保育類)
- 蜂鷹 Pernis ptilorhyncus (保育類)
鷸科
- 山鷸 Scolopax rusticola
雨燕目
雨燕科
- 小雨燕 Apus nipalensis
雞形目
雉科
- 竹雞 Bambusicola thoracicus
鴷形目
五色鳥科
- 五色鳥 Megalaima oorti
鴿形目
鳩鴿科
- 野鴿 Columba livia
- 翠翼鳩 Chalcophaps indica
- 金背鳩 Streptopelia orientalis
鴞形目
鴟鴞科
- 領角鴞 Otus bakkamoena (保育類)
燕雀目
王鶲科
- 黑枕藍鶲 Hypothymis azurea
文鳥科
- 白腰文鳥 Lonchura striata
卷尾科
- 大卷尾 Dicrurus macrocercus
畫眉亞科
- 大彎嘴畫眉 Pomatorhinus erythrocnemis
- 小彎嘴畫眉 Pomatorhinus ruficollis
- 山紅頭 Stachyris ruficeps
- 綠畫眉 Yuhina zantholeuca
- 頭烏線 Alcippe brunnea
- 繡眼畫眉 Alcippe morrisonia
- 黑喉噪眉 Garrulax chinesis (外來種)
鴉科
- 台灣藍鵲 Urocissa caerulea (保育類)(特有種)
- 樹鵲 Dendrocitta formosae
繡眼科
- 綠繡眼 Zosterops japonicus
鵯科
- 紅嘴黑鵯 Hypsipetes leucocephalus
- 白頭翁 Pycnonotus sinensis
鶇亞科
- 白腹鶇 Turdus pallidus
- 藍尾鴝 Tarsiger cyanurus
- 斑點鶇 Turdus naumanni
- 台灣紫嘯鶇 Myiophonus insularis (特有種)
鶯亞科
- 短翅樹鶯 Cettia canturians
- 極北柳鶯 Phylloscopus borealis
鶺鴒科
- 灰鶺鴒 Motacilla cinerea
佛法僧目
翡翠科
- 翠鳥 Alcedo atthis
兩棲類
無尾目
蟾蜍科
- 黑眶蟾蜍 Bufo melanosticus
- 盤古蟾蜍 Bufo bufo (特有種)
樹蟾科
- 中國樹蟾 Hyla chinensis
樹蛙科
- 台北樹蛙 Rhacophorus taipeianus (保育類)(特有種)
- 白頷樹蛙 Polypedates megacephalus
- 艾氏樹蛙 Chirixalus eiffingeri
- 面天樹蛙 Chirixalus idiootocus (特有種)
赤蛙科
- 古氏赤蛙 Rana kuhlii
- 拉都希氏赤蛙 Rana latouchii
- 長腳赤蛙 Rana longicrus
- 貢德氏赤蛙 Rana guntheri
- 斯文豪氏赤蛙 Rana narina swinhoana
- 澤蛙 Rana limnocharis limnocharis
- 虎皮蛙 Rana tigerina rugulosa
狹口蛙科
- 小雨蛙 Microhyla ornata
爬蟲類
蜥蜴亞目石龍子科
- 印度蜓蜥 Sphenomorphus indicus
飛蜥科
- 黃口攀蜥 Japalura polygonata xanthostoma
蜥蜴科
- 古納氏草蜥 Takydromus kuehnei
- 翠斑草蜥 Takydromus viridipunctatus
壁虎科
- 鉛山壁虎 Gekko hokouensis
- 無疣蝎虎 Hemidactylus bowringii
蛇亞目
黃頷蛇科
- 台灣鈍頭蛇 Pareas formosensis (特有種)
- 大頭蛇 Boiga kraepelini
- 赤背松柏根 Oligodon formosanus
- 錦蛇 Elaphe taeniura (保育類)
蝙蝠蛇科
- 雨傘節 Bungarus multicinctus multicinctus (保育類)
- 眼鏡蛇 Naja atra (保育類)
龜鱉目
河龜科
- 柴棺龜 Mauremys mutica (保育類)
水生生物類
鯉目鯉科
- 台灣石賓 Acrossocheilus paradoxus (特有種)
- 台灣馬口魚 Zacco barbatus (特有種)
- 類小鲃 Puntius orphoides (外來種)
鱸形目
鬥魚科
- 蓋斑鬥魚 Macropodus opercularis
鱂形目
胎鱂科
- 孔雀魚 Poecilia reticulata
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